Hyönteislinjasto

Digitarium
Loikkaa: valikkoon, hakuun
Hyönteislinjastolla kuvattu näyte.

Hyönteislinjasto on Digitariumin toinen automatisoitu kuvausjärjestelmä. Hyönteislinjasto on kehitetty pienten hyönteisten kuten useimpien kovakuoriaisten, perhosten ja kaksisiipisten massadigitointiin.


Sisällysluettelo

1. Laitteisto

Hyönteiskuvauslinjasto koostuu viidestä kuljettimesta, jotka on asetettu U-muotoon. Näytteet lastataan linjastolle sen toisesta päästä, kuvataan keskellä olevassa kuvauskuljettimessa ja puretaan toisessa päässä. Laitteistoon kuuluu myös kaksi tietokonetta, joita käytetään kuljetinjärjestelmän ja kuvauksen ohjaamiseen. Lisäksi kytkettynä ovat kaksi kameraa ja kuvantamiseen tarvittava valaistus. Kokonaisuudessaan linjasto vaatii n. 2 m x 2,5 m pöytätilaa.
Hyönteislinjasto.


2. Ohjelmistot

Ohjelmistoina toimivat kasvikuvauslinjastosta tutut ohjelmistot.

2.1. DigiConveyor

Automaattisen digitointilinjaston tärkein ohjelmisto on DigiConveyor, joka toimii digitointia kontrolloivana moduulina. Digitoinnin toteuttamisen lisäksi ohjelma on vuorovaikutuksessa operaattoreiden kanssa. Operaattorit monitoroivat digitoinnin laatua, sekä asettavat tarvittaessa lisätietoja digitoitavasta materiaalista.

2.2. ConveyorControl

Kuljetinjärjestelmän kontrolloinnista huolehtii ConveyorControl-ohjelmisto. Se on LabVIEW-ohjelmisto, joka on yhteydessä DigiConveyor-ohjelmistoon TCP/IP-rajapinnan kautta.

2.3. pyHTTPDSLR

Ohjelmisto toimii rajanpintana DigiConveyor-ohjelmiston ja eri kameroiden välillä. DigiConveyor käyttää kameroita standardin TCP/IP rajapinnan kautta ja pyHTTPDSLR toteuttaa kamerakohtaisen ohjauksen. Tämä malli toteuttaa yksinkertaisen tavan vaihtaa digitoinnissa käytettäviä kameroita. Kameroiden ohjauksen lisäksi pyHTTPDSLR suorittaa kuville esikäsittelyä, kuten konvertointeja, pakkausta ja skaalausta. Tämä hajautettava malli toteuttaa hyvän skaalautuvuuden usean kameran järjestelmään, jossa osa raskaista kuvaprosessoinneista suoritetaan tehtävään varatuilla PC-yksiköillä.

2.4. MiniWBF

MiniWBF on ohjelmisto viivakooditunnisteiden tulostukseen ja ylläpitoon. Tulostuksen lisäksi MiniWBF:llä voidaan esikäsittelyssä tallentaa joitakin näytteiden metatietoja, kuten esimerkiksi taksonitietoja myöhempää käyttöä varten. Ohjelman teknologia: Java, JSF, PrimeFaces.


Näytteiden esikäsittelyssä käytetään webkameraa ja siihen liittyviä ohjelmistoja, kuten Yawcam.


3. Digitointi hyönteislinjastolla

Hyönteislinjastolla kulkevia näytteitä.

3.1. Prosessi

Hyönteisnäytteiden kuvaus automaattisella linjatolla vaatii niiden esikäsittelyä. Hyönteisnäytteitä saapuu digitoitaviksi vaihtelevia määriä, pakattuna eri kokoisiin laatikoihin tai unitteihin. Näytteet kuvataan yksitelleen, jokainen asetettuna omalle kuvausalustalleen. Käytännössä tämä vaatii hyönteisten siirtoa, yksitellen, laatikoista kuvausalustalle.

Esikäsittelyvaiheessa voidaan näytteestä tarvittaessa kirjata ylös esim. taksoni ja sukupuoli, lisäksi siihen liitetään uniikki viivakoodi. Operaattori nostaa hyönteisen neulasta kuvausalustalle ja irrottaa samalla etiketit esille alustalle, lisäksi mukaan liitetään pieni uniikin koodin sisältävä viivakoodilappu. Joillakin hyönteisryhmillä (esim. pienet kovakuoriaiset) näyte-etikettejä ei tarvitse poistaa neulasta, vaan ne kuvataan sivukameralla. Hyönteinen saadaan oikealle korkeudelle webkameraa hyväksi käyttäen. Alusta lastataan kuvauslinjastolle, jossa se kulkee pysähtyen välillä kuvattavaksi. Hyönteisestä ja etiketeistä otetaan tarpeen mukaan yhteensä 1-3 kuvaa eri kulmista. Kuvauksen jälkeen alusta nostetaan pois linjaston loppupäästä. Etiketit ja viivakoodilappu poimitaan takaisin neulaan ja näyte nostetaan paikalleen kuljetuslaatikkoon.
Hyönteislinjaston kuvausjärjestelyt.

3.2. Kuvauslaitteisto

- Nikon D3X (24 MPix) hyönteisille

- Nikon D3S (12 MPix) etiketeille

- Nikon AF-S MICRO NIKKOR 105 mm 1:2.8

- Nikon AF-S NIKKOR 24-70 mm 1:2.8

3.3. Suorituskyky

Automatisoidun digitointilinjaston maksimaalinen kuvausnopeus on noin 250 näytettä tunnissa. Digitointinopeutta rajoittaviksi tekijöiksi muodostuvat tällä hetkellä kuvausta edeltävät ja seuraavat operaattorin tehtävät. Realistinen kuvausnopeus näytteiden käsittely huomioiden asettuukin välille 50 - 100 näytettä tunnissa. Ennen digitointiprosessin aloitusta määritellään mitä tietoja tallennetaan kuvauksen yhteydessä ja miten fyysiset näytteet pakataan kuvauksen jälkeen. Näillä on suuri merkitys digitoinnin suorituskykyyn.